熒光的原理是某些物質會在高強度的短波長光線照射下，會發(fā)出波長稍長的發(fā)射光（熒光）。而我們一般都是觀察被激發(fā)熒光基團所發(fā)射出來的波長稍長的發(fā)射光（熒光）。但是激發(fā)的光會很強，所以我們就需要把激發(fā)的光全部濾去，這樣才可以看到熒光基團的發(fā)射光（熒光）。下面我們簡單敘述下關于熒光顯微鏡的使用原理。
熒光顯微鏡一般都用高強度的汞燈做激發(fā)光源。使用濾色片把不需要的光濾去，只留下激發(fā)熒光集團的高強度很純的光線。這個單色的光線通過物鏡照射到樣本上之后，樣本會被激發(fā)出發(fā)射光（熒光），熒光和激發(fā)光都會沿著物鏡光路返回，這樣的話，就需要用一個二相色鏡把激發(fā)光濾去，只讓我們需要看到的熒光透過。
注：在熒光顯微鏡中，核心的是1熒光光源，因為熒光需要高強度的光才可以被激發(fā)出來，我們一般都用汞燈，另外還有長壽命金屬鹵素燈，當然還有激光。2激發(fā)塊（幾個濾色塊組成的組件，一般有激發(fā)光濾色片、二相色鏡、發(fā)射光濾色片），因為我們的熒光基團都是在特定波長的光線下才可以激發(fā)，并且被激發(fā)的發(fā)射光也具有特定波長。所以需要選擇合適的激發(fā)塊（主要是選擇激發(fā)光濾色片、二相色鏡、發(fā)射光濾色片這三個的可以通過的光線波長等參數(shù)）。
另外物鏡也對熒光顯微鏡有很大影響。因為只有較好檔次的物鏡才可以提供完好的色差矯正。
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